大多数人特别是没有研究过物理学史的人认为，牛顿晚年之所以研究神学，是因为他解释不了很多现象的最根本的原因，比如为什么会有万有引力？他得出，这是神的第一推动力。实际上这种讲法是不正确的。想知道牛顿是否迷信以及了解他做出的种种事。必须先研究他的思想。
牛顿生于1642年12月25日（当时的一种历法，好像是夏历），公历是1643年1月4日。由于牛顿生于12月25日。大家都知道这是什么日子吧？对了，圣诞节。所以你顿从小就认为自己和神有渊源。这很正常，换做是我们，如果出生日某个特殊的日子，也会想出很多东西来。牛顿之前物理学可以说有伽利略刚刚起步，一切都尚不明朗。牛顿性格孤僻，极端复杂。源自于他是个早产儿，并且父亲在他没有出生就已经去世，继父是个神父，但年龄很大，从小牛顿没有母爱，继父死后，和母亲一起却发现自己多了弟弟妹妹。牛顿还经常虐待他们。总之牛顿心理上有一定的问题。
牛顿虽然认为他和神有渊源，从小就十分虔诚，但是他和其他的基督教徒不同的是，基督教徒是通过圣经来研究神和自然的。牛顿则认为，想要更好的研究神和自然界，不是去研究圣经，而是直接去研究自然，只有把自然真正研究透彻，才能更好的理解神传达的旨意。所以牛顿去研究自然科学。注意：牛顿研究科学就是为了更好的研究神！所以当他的名著：自然哲学的数学原理，问世以后，贝克莱大主教，就问他，为什么你的著作里没有神的存在，牛顿为了避免贝克莱的非难，在万有引力里加入了神的第一推动力，实际上，他自己也根本不知道为什么会有万有引力，在当时这也是他能找到的最好的解释了。万有引力问题很复杂，爱因斯坦提出广义相对论后才给出现在认为正确的解释：那就是世界上根本没有万有引力，万有引力是一种几何效应，并没有这个力。这种几何效应使得似乎有这个力的存在，就像惯性力不存在一样，但在非惯性系中却必须引入这个力。当然量子力学却不这么解释。总之引力问题很复杂。牛顿自然解决不了。他提出了神的第一推动力。
牛顿在他的巨著：自然哲学原理，面世之后，取得了巨大的成功，对当时的物理现象给出了很好的解释。然而，牛顿关于研究自然以研究神的事业并没有完成。因为第一推动力还没找到。类似的情况也还有。而当时的物理已经被他研究的差不多了，所以他只能通过研究神学，来解决这个问题。因而你顿晚年潜心研究神学。
牛顿一直是一个宗教徒，并不是通常人们想象的那样，牛顿开始研究科学，后来不行了，研究神学,错，他一直研究神学，只不过他不是通过圣经研究神学。
牛顿谈不上迷信与不迷信，看你怎么解释这个问题。我们对牛顿有很多的误解，上面的就是一例。类似的也还有，比如牛顿有一句名言：如果说我看他比别人远，那是因为我站在巨人的肩上。这句话被理解为牛顿很谦虚，也告诫我们，必须研究前人的成果，在前人的基础上才能做出大贡献。但是，牛顿说这句话的时候，并非是这个意思，牛顿说这句话是为了讽刺胡克。众所周知，牛顿和胡克矛盾很深。他说这句话的目的就是讽刺胡克。具体情况可以到晚上查。
作为一个科学家，牛顿可能是想证明神学是科学。有些人觉得神学是跟科学对立，实际上神学研究的基础是系统可以通过科学合理地解释。
“能量不会凭空产生，也不会凭空消失，只会从一种形式转化为另一种形式”。这是基础物理学的概念。地球的伟大在于它给予人类生存、生活的空间，某种意义来说，地球的转动赋予了人类能力。科学家说，地球的能量来自于宇宙的大爆炸。但是这种大爆炸的能量来源于哪里，可能当时的牛顿在物理学的探索到达了瓶颈，他转身投入了神学的研究。
这个问题在现在依旧是无解的状态，更何况是当时的环境。西方的17世纪，科学的存在就是为神学服务的，并不是因为神学的重要性，而是当时的社会环境所产生的这样一个氛围，综合当时的时代背景来看，牛顿研究神学也是符合当时的社会主流。那个时候，他发现我们生活的世界只是被创造出来的，所以可以合理地解释宇宙的创造。
不管是力学还是神学，牛顿告诉我们在我们不知道的情况下，总有一种存在是不受我们的感知。如今的科学，也只是证明某种物体的存在，而不是证明某种物体不存在。这是不受我们主观意识而改变的存在。也许神学可能是人类认识这个世界的缥缈方式，毕竟物理学不能够解释所有物体的存在，于是研究会趋向于神学。所以牛顿晚年开始研究神学，某种意义上来说是另一种进步。