如果是医学，就根本没有差的专业，都很好，以前的华西医科大学在全国是响当当的，与北京医科、上海医科一起为全国最强三所医科大学。当然最好的还是口腔，以及法医、肿瘤学等。
如果是其他专业，川大是原川大和成都科大合并的。
原川大强项：中文、历史、数学、生物、计算机、宗教学、核物理等（在全国前五位左右）
原成都科大强项：材料（特别是高分子材料）、皮革、水利、化工（高分子和皮革全国第一、水利前三，化工前十）
其他热门专业如电子信息、通信工程、机械、土木等，实力虽比不上口腔等，但也还可以，全国10-15左右。下面把川大的重点学科给你，作为参考：
四川大学国家重点学科：
一级国家重点学科（下属二级学科全部为国家重点学科）：中国语言文学、数学、材料科学与工程、生物医学工程、口腔医学
二级国家重点学科（37个，不计覆盖的二级国家重点学科）：宗教学、政治经济学、历史文献学、专门史、中国古典文献学、比较文学与世界文学、文艺学、基础数学、应用数学、原子与分子物理、有机化学、植物学、遗传学、固体力学、计算机应用技术、岩土工程、水力学及河流动力学、化学工程、皮革化学与工程、核技术及应用、材料学、材料加工工程、生物医学工程、法医学、内科学（呼吸系病）、内科学（消化系病）、儿科学、影像医学与核医学、外科学（骨外）、外科学（普外）、外科学（胸心外）、妇产科学、肿瘤学、营养与食品卫生学、药剂学、口腔医学、基础医学。
报哪个学校取决于你的成绩。
报哪个专业取决于你的喜好和专长。
如果学习很好，就去上海药物所、军科院、协和这样的科研单位。
在高校里边，中国药科大学和沈阳药科大学属于学科整体上发展比较全面的，虽然不是所有的二级学科都在国内数一数二，但水平也都在前列了，没什么拖后腿的专业。
北大的药化不错，有国家重点实验室，和张强的药剂。
复旦和川大的药剂也不错，刚评了国家重点学科，川大的药化也是老牌了。
其次，山东大学的药化是国家重点（培育）学科，海大的海洋药物也很有特色。
上海交大的药学院和上海医工院合办，起点可以。
华东理工的药学院和上海药物所合办，发展很快。
剩下的就太多了不举例了。
国内知名的一些医科大学药学院很二流，但他们的药理一般都很好。
国内知名的一些综合型大学的药学院很三流，务必擦亮眼睛。